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遺伝子実験施設共同利用について

歴史と存在意義

遺伝子実験施設の設立当初から、遺伝子の本体である DNAの塩基配列を決定する作業は、本施設の研究の中心テーマ(植物葉緑体DNAの全塩基配列決定)であり、本施設は配列決定のために必要なDNA分子を操作する技術の向上や普及において重要な役割を果たしてきた。1990年代の中頃なると、DNA操作技術が広く一般に浸透し、DNA塩基配列決定方法は、ラジオアイソトープを用いた方法から蛍光試薬を用いた方法へと大きく転換して、1回の解析で決定できるDNA配列の長さや処理できるサンプルの数などが飛躍的に向上した。この変化に伴って、当時本施設に設置されていた多数のDNA塩基配列決定装置は時代遅れとなった ため、蛍光色素を用いるシークエンサーであるABI373やABI377が導入され、施設利用者はラジオアイソトープの使用から開放されて比較的安全にシークエンス作業が行えるようになった。1995年頃、ポリヌクレオチドを分離する高分子ポリマーの支持体として、ゲル板ではなくてキャピラリーを使用する新しいタイプのシークエンサーが開発され普及し始めた。キャピラリーを使用するタイプは、1)ゲル板を作製する煩雑さがなく、2)再現性の高い条件で泳動で き、3)使用するサンプル量が少なく、4)1回のシークエンスに要する時間が短いという利点があった。この装置は、ゲノム解析という時流にのって瞬く間に普及した。しかしながら、このタイプのシークエンサー(ABI_3100)が本施設に導入されたのは、2002年のことであった。現在、ABI3100を3台使用して、POP7ポリマー(50cm)を使って1日に最高 192サンプル(Phred値が20以上のデータが約600塩基以上得られる)の処理を行っている。また、利用者がネットワーク(URL: http://lac2.gene.nagoya-u.ac.jp/~kyoudouriyou/sequencer/)を使って、簡単に予約したり、シークエンスの結果を取り出せるファイルサーバーシステムを開発、運用して、利用者の利便性は飛躍的に向上した。平成21 年からは、Big-Dyeのシーケンス反応からのサービスも開始し、技術的な話を中心にした講習会を開催することで、共同利用ユーザーは増えて続けている。また、平成22年度に、次世代型のシーケンサーSOLiD3Plusを導入する事ができた。この次世代シーケンサは、1回のランで400Gb程度のデータを産出することができる。現在、SOLiD5500wにバージョンアップして150Gbのデータ量にまで増加し、バーコードを利用して多くのユーザーが同時に比較的低コストでシーケンスデータが得られ、さらに計算機サーバークラスターを用いた解析段階のサービスも提供して、名古屋大学生命科学研究の推進に貢献している。

 

共同利用機器・説明会のお知らせ

日時:2013年10月10日(木)16:00~17:00
場所:名古屋大学 理学部E館 E131
講師 井原 邦夫(遺伝子実験施設)
内容:次世代シーケンサーSOLiD,MiSeqの利用についての説明

お問い合わせ先:名古屋大学遺伝子実験施設 准教授 井原邦夫 
内線(6455)  Emil:ihara@gene.nagoya-u.ac.jp

参加希望者は、①氏名、②身分、③所属研究室、④連絡先(内線等)を明記し、
下記のメールアドレスまでお願いします。

電子メール   kyoudouriyou@gene.nagoya-u.ac.jp 

共同利用のページ

遺伝子解析のコアファシリティーとしての共同利用機器

遺伝子実験施設では、シーケンス、ゲノム解析を中心に様々な生命科学解析関連の機器類を共同利用として提供しています。機器の利用を希望される方は、共同利用申請書の提出をお願いします。

申請書

Wordファイル
pdfファイル

シーケンス・ゲノム解析の詳細は、共同利用のページにアクセスしてください。

  • シーケンサーの予約は、ここから。
  • IBBP関連の詳細は、IBBPのページにアクセスしてください。

  • 生物試料の無料保存に興味のある方は、ここから。
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