名古屋大学遺伝子実験施設

解析について

シークエンス波形解析について

　波形解析等を行う場合には、有償、無償の様々なソフトウェアーの入手が可能ですので、各研究室で対応して頂くことをお願いいたします。参考までに、下記に入手先のURLを記載しておきます。

汎用ソフト

フリー（アカデミック使用）ソフト

　Windowsユーザーなら、一押しはSequence Scannerです。 ABIから提供されている純正ソフト（フリーソフト！）です。さすがに純正サポートだけあって、機能解析面では非常に優れています。Bio Editは、波形解析後の配列処理や分子系統樹作成までがオールインワンに盛り込まれている、多機能なソフトです。FinchTVも簡単ですが、波形を見ながら、シークエンス情報を確認する事はできます。

　Linux (MacOSX)ユーザーなら、導入が少々面倒ですが、Phred-Phrap Consedをお勧めします。波形解析のみならず、自動的なアセンブリー機能も備えた、非常に高性能なソフトウェアーです。大量のシークエンス解析を日常的に行っている人は、導入する価値があります。
　Macユーザーは、FinchTVが簡単ですが、シークエンスの比較修正などができません。ただ、波形を見て配列データを修正するだけであれば、機能面でも非常にシンプルです。Edit Viewは、昔からMacユーザーには愛用されているソフトのようですが、WindowsからのデータをそのままMacに持っていっても、読むことができません。その時は、MacにConversion Program（ABIで手に入ります：
http://www.appliedbiosystems.com/support/software/3100/conversion.cfm） をインストールして、Sample File Win to Mac (中身は、Applescript)を使って、Macで読めるようにしてからEdit Viewに読み込んでください（OS9)。

　今後、遺伝子実験施設シークエンス説明会のおりに、簡単な波形解析の仕方等も説明していきたいと考えております。

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