SOLiD5500xl, MiSeq
利用申請
下記から、申請書をダウンロードしてください。
申請には、共同利用者IDが必要になりますので、下記からお願いいたします。
申請書の提出は、メール（kyoudouriyou_@_gene.nagoya-u.ac.jp)または直接名古屋大学遺伝子実験施設 共同利用事務室( F110, 担当 都築）までお持ちください。
シーケンスサービスについて
名古屋大学遺伝子実験施設では、次世代シーケンサー SOLiD5500xlまたはMiSeqを用いた、ゲノムのリシーケンス、新規ゲノム解析、転写産物解析、ChIP解析等を支援しています。次世代シーケンサーは、大まかに（A）ライブラリー作製、（B）シーケンス解析、（C）データ解析の3つのステップからなります。この中で、(A)のライブラリー作製、(C)のデータ解析のステップは、研究の内容により非常に多岐にわたるのに対して、（B）のシーケンス解析は、同じ作業で対応することができます。そのため、支援内容を明確にする目的で、幾つかのサービスのタイプを設けました。
- タイプ1：シーケンス解析のみの支援
- ライブラリー作製、データ解析は研究者に対応していただきます。作製後のライブラリーをご提出いただいて、シーケンス解析を行い、配列データ（csfastaファイル、qvファイルまたはfastaqファイル）を利用者に提供します。希望に応じて、マッピングを行い、bamファイル等の納品も行います。
- タイプ2：ライブラリー作製＋シーケンス解析
- ライブラリー作製の段階を遺伝子実験施設で行っていただくことが可能です。あるいは、DNA試料を提出していただいて、こちらでライブラリー作製を行うことも可能です。扱う生物種（細胞）とアプリケーションを相談した上で、サンプル調製の内容を検討して希望にそった方法を決定します。作製したライブラリーの評価を行い、シーケンス解析後、配列データ（csfastaファイル、qvファイルまたはfastqファイル）を利用者に提供します。
- タイプ3：シーケンス解析＋データ解析（要相談）
- ライブラリー作製は研究者に対応していただきます。作製後のライブラリーを使ってシーケンス解析を行います。配列データをリファレンス配列にマッピングした後、更にSNPs検出や転写産物リスト作成などを行います。解析内容（学生さんの教育を含め）は、相談して決めさせていただきますが、内容によってはお引き受けできない場合もありますので、ご容赦ください。最終的には、エクセル等でドライ研究になじみの無い研究者の方でも閲覧可能なデータとして提供いたします。
- タイプ4：ライブラリー作製＋シーケンス解析＋データ解析（要相談）
- すべてを遺伝子実験施設で行う事ができます。内容に関しては、相談の上で決定いたします。
配列解析について
MiSeqかSOLiD5500xlの希望があれば、それを明示的に記載してください。 例えば、MiSeqでは、75bp x2 〜 300bp x2 まで選択可能です。必要なデータ量（リード数、リード長）をご相談ください。
データ量について
MiSeqでは、1回で1500万〜2500万のリードが解析できます。SOLiDでは、1レーンあたり、平均１億タグが解析できます。データ量は、このリード数にリード長をかけたものになります。全体として1Gbのデータが欲しい場合、100bpで1000万リードなのか、40bpで2500万リードなのかは、違う意味を持ってきます。必ずリード数、データ量を明記してください。ただし、ライブラリーの質や量によって、必ずしもこの数字が保証される訳ではありません。また、リファレンスに対するマッピング率も、ライブラリーの質（PCRの回数等）により大きく変わってきます（数％〜90%程度まで）ので、ご承知おき下さい。
Authorshipについて
タイプ2−4は共著、タイプ1は論文公表時に、名古屋大学遺伝子実験施設（Nagoya University, Center for Gene Research）をクレジット願います。
費用
学内料金
| 解 析 項 目 | 解 析 料 金 |
|---|---|
| 1フローセル | |
| フラグメントライブラリー(75bp) | 150,000円 |
| ペアーエンドライブラリー(75+35bp) | 185,000円 |
＊ただし、6レーン分の試料がそろってからのランになりますので、ご了承ください。
| 解 析 項 目 | 解 析 料 金 |
|---|---|
| 1ラン | |
| A. ライブラリー作成を含めたシーケンス解析 | |
| A-1. 75bpのペアエンド解析 | 226,600円 |
| A-2. 250bpのペアエンド解析 | 270,600円 |
| A-3. 300bpのペアエンド解析 | 338,800円 |
| B. シーケンス解析のみ | |
| B-1. 75bpのペアエンド解析 | 194,700円 |
| B-2. 250bpのペアエンド解析 | 238,700円 |
| B-3. 300bpのペアエンド解析 | 306,900円 |
＊学内の場合は、シーケンス量（必要なタグ数と総塩基数）に応じたサービスも行っております。直接問い合わせてください。
学外料金については、直接 担当者（井原）までお問い合わせください。
052-789-4532(TEL) or ihara_at_gene.nagoya-u.ac.jp (at --＞ @)
ご案内
利用を希望される方は、下記まで直接ご連絡ください。
| メールアドレス | kyoudouriyou at gene.nagoya-u.ac.jp (atを@に変更願います） |
|---|---|
| 電話 | 内線4532 |
| 担当者 | 名古屋大学遺伝子実験施設 共同利用室 井原 |
